Dank einer diversifizierten Pädagogik setzt es sich Scholae zum Ziel, die Schüler ins Zentrum des Lerngeschehens zu stellen. Einerseits gibt es natürlich noch den klassischen Frontalunterricht, andererseits setzen wir ganz besonders auf Gruppenarbeit bei den Schülern, sowohl mit gleichem als auch gemischtem Niveau. Scholae stellt das Konzept von Altersklassen in Frage, in denen alle Schüler über einen Kamm geschoren werden sollen. Die jeweils siebenwöchigen Lernmodule sind so konzipiert, daß sie von Schülern verschiedener Altersstufen besucht werden können, jeder gemäß seinem eigenen Rhythmus, jeder nach seinem eigenen Lernweg. Unter der Aufsicht der Lehrer wird an jedes Lernmodul durch die Fragestellungen jedes einzelnen Schülers herangegangen.
Jeder Schüler ist in seiner individuellen Arbeitszeit oder im Rahmen verschiedener Gruppenarbeit mit einer Problematik konfrontiert, dessen Lösung ihm anvertraut wird. Anstatt nun passiv eine Reihe von Lösungen aufzunehmen, die er nicht selber erarbeitet hat, wird der Schüler ins Zentrum einer induktiven Methode gestellt und gewissermaßen als Entdecker neuen Wissens identifiziert. Gruppenarbeit führt zur Ausarbeitung eines gemeinsam erstellten und durchdachten Wissens, das umso leichter vom Schüler assimiliert wird, da er selbst bei seiner Erarbeitung mit Hand angelegt hat, oder da es ihm durch seine Kommilitonen im Rahmen von Vorträgen vermittelt wurde.
Der stark gemischte Background der Schüler von Scholae ist kein Nachteil, sondern ganz im Gegenteil eine Quelle der Bereicherung. Jeder macht seinem eigenen Rhythmus gemäß Fortschritte, jeder trägt zur Ausbildung der anderen Schüler bei oder bekommt seinerseits Hilfe von einigen seiner Schulkameraden, die in anderen Domänen fortgeschrittener sein mögen. Vor allen Dingen verfügt jeder einzelne über die nötige Zeit, um nachzudenken und sich seine eigene Meinung und sein eigenes Weltbild zu bilden. Mit derart vielfältigen Lehrmethoden – vollständige Klassenarbeit, Gruppenarbeit, Dreiergruppen oder Einzelarbeit – zielt Scholae darauf hin, die Fähigkeiten jedes Einzelnen zur Selbsteinschätzung und zur Teamarbeit zu fördern.